Le microbiote du gros intestin équin est d'une richesse et d'une complexité exceptionnelles. Il comprend des milliards de bactéries, protozoaires et champignons dont l'équilibre conditionne directement la santé digestive — et générale — du cheval.
La stabilité de ce microbiote dépend de plusieurs facteurs :
- La nature de la ration : une alimentation riche en fibres longues (foin, herbe) favorise les bactéries cellulolytiques bénéfiques.
- La régularité des repas : les changements brusques de ration (introduction de concentrés, changement de foin) perturbent profondément la flore en 24 à 48 heures.
- Le pH du milieu : la fermentation des fibres maintient un pH légèrement acide favorable aux bactéries cellulolytiques. Un afflux d'amidon non digéré provoque une production massive de lactate et d'AGV, faisant chuter le pH et entraînant une acidose du gros intestin.
L'IFCE rappelle qu'environ 15 à 30 % des matières azotées alimentaires atteignent le gros intestin, où elles sont peu valorisées et peuvent être dégradées en ammoniac. Un excès de protéines dans la ration contribue donc à une charge azotée dans l'arrière-intestin, potentiellement délétère pour l'équilibre microbien.
Les conséquences d'une dysbiose peuvent être graves : coliques, diarrhées, fourbure (via la libération de toxines vasoactives), et myosites. La prévention passe par une alimentation respectueuse de la physiologie du cheval : fourrages à volonté, concentrés fractionnés, transitions alimentaires progressives sur minimum 10 à 15 jours.