Le Comtois tire son nom de la Franche-Comté, région montagneuse à cheval sur le massif du Jura, principalement les départements du Doubs et du Jura. Son origine exacte reste discutée, mais l'hypothèse la plus fréquemment citée évoque des ancêtres importés par les Burgondes, peuple germanique, aux IVe et Ve siècles dans les montagnes jurassiennes, à la frontière de l'actuelle France et de la Suisse.
Le Comtois partage un tronc commun avec le Franches-Montagnes suisse. C'est au milieu du XIXe siècle que les deux races divergent : le Franches-Montagnes s'oriente vers un type trait léger et demi-sang, tandis que le Comtois évolue vers un modèle plus lourd et plus puissant, mieux adapté aux travaux agricoles et forestiers intensifs.







