L'histoire du Knabstrup commence au début du XIXe siècle, sur le domaine de Knabstrup Hovedgård, au Danemark. La race est classiquement rattachée à une jument tachetée surnommée Flæbehoppen (« la jument de Flæbe »), qui fut saillie par un étalon Frederiksborger aux alentours de 1808–1812. De cette union naquit une lignée portant le motif tacheté caractéristique, transmis de génération en génération. L'étalon Mikkel, né en 1818, est souvent cité comme l'un des premiers reproducteurs marquants ayant consolidé les caractéristiques de la race.
La robe tachetée, si séduisante en temps de paix, s'avéra un désavantage militaire : lors de la Première guerre de Schleswig (1848–1850), les chevaux très visibles furent jugés trop repérables sur le champ de bataille, ce qui contribua à freiner leur emploi dans l'armée danoise.
