Le Pottok est présenté par les spécialistes comme une race d'une très grande ancienneté. Des représentations rupestres découvertes dans des grottes basques — notamment à Isturitz, Sare et Oxocelhaya — montrent des équidés dont la anatomie/morphologie-cheval" class="cocon-link" title="morphologie du cheval">morphologie évoque celle du Pottok actuel. Si cette concordance morphologique ne constitue pas une preuve génétique directe, elle témoigne d'une présence équine ancienne et continue dans cette région.
Pendant des siècles, le Pottok a joué un rôle économique essentiel pour les populations basques : portage en montagne, travaux agricoles, puis, à partir du XIXe siècle, exportation vers les mines de charbon de France, de Belgique, d'Angleterre et d'Italie. Sa petite taille et sa robustesse en faisaient un animal idéal pour travailler dans les galeries souterraines. Cette exploitation intensive se poursuivit jusque dans les années 1950.
La motorisation et la mécanisation agricole entraînèrent ensuite un déclin brutal des effectifs. Face à ce risque d'extinction, des éleveurs et passionnés créèrent en 1970 l'Association Nationale du Pottok (ANP), suivie de la reconnaissance officielle de la race par les Haras nationaux en 1972 et de la mise en place d'un stud-book. En 2008, une étude menée en lien avec l'INRA alertait encore sur le risque pesant sur le type originel de la race, soulignant l'urgence de programmes de conservation rigoureux.
