Le KWPN est le fruit d'une transformation profonde de l'élevage équin néerlandais au cours du XXe siècle. Avant la mécanisation de l'agriculture, les Pays-Bas comptaient deux grandes souches de chevaux utilitaires :
- Le Gelderlander (Gelders) : un type plus léger, apprécié pour l'attelage et le travail léger.
- Le Groninger : un type plus massif, destiné à la traction agricole lourde.
Avec l'essor du machinisme agricole, ces chevaux ont progressivement perdu leur utilité première. Les éleveurs néerlandais ont alors entrepris une reconversion ambitieuse vers le cheval de sport, en introduisant du sang extérieur : Pur-sang anglais, Trakehner, Holsteiner, Hanovrien, Selle Français, entre autres.
La structuration du stud-book national résulte de la fusion de plusieurs organisations régionales autour de 1969–1970. La reconnaissance royale, symbolisée par l'ajout du « K » de Koninklijk, intervient en 1988, consacrant le prestige de l'institution. À partir de 2006, le KWPN formalise clairement ses directions d'élevage distinctes : dressage, saut d'obstacles, attelage et Gelders.
